Un sistema, un flusso di lavoro, applicazioni di sequenziamento potenti  10xGenomicsL’azienda ha presentato le ultimeChromium™ sistema. Utilizzare milioni di uniciDNAEtichetta di sequenzaGEMs，Chromium™ Il sistema può rivelare informazioni genomiche importanti.

1Strumenti pienamente funzionali10xChromiumControllerCon vassoio scalabile e interfaccia touch screen, occupa poco spazio, non più di1piedi quadrati, ma in modo efficiente10Milioni.100Milioni di passaggi di pipettazione automatizzati, utilizzando un sistema avanzato di microfluidizzazione, separare i campioni ad alto flusso e portare l'etichettatura della sequenza per raggiungere lo scopo della rilevazione ad alto flusso.10xChromiumControllerL'analisi del genoma può essere effettuata, mentre l'analisi funzionale a livello di singola cellula può essere effettuata.

2Strumenti unicellulari10xChromiumSingleCellControllerCon vassoio scalabile e interfaccia touch screen, occupa poco spazio, non più di1piedi quadrati, ma in modo efficiente10Milioni.100Milioni di passaggi di pipettazione automatizzati, utilizzando un sistema avanzato di microfluidizzazione, separazione di campioni ad alto flusso e etichettatura di sequenza per raggiungere lo scopo della rilevazione ad alto flusso.10xChromiumSingleCellControllerL'analisi funzionale può essere effettuata solo a livello cellulare singolo.

Miglioramento dei parametri di assemblaggio: combinazione dell'effetto di assemblaggio con questa tecnologiaIlluminaI dati possono essere aumentati fino a una dozzina di volte;

Versatilità della piattaforma di sequenziamento: le librerie costruite con questa tecnologia possono essereIlluminaCorrispondenza perfetta del sistema di sequenziamento;

Lunghezza del frammento molecolare: l'analisi può essere breveReadsL'assemblaggio cresce fino a50-100Kbdellinked-reads；

Analisi monoclonale: livello cromosomico possibilePhasingOttenere informazioni precise sul singolo corpo.

1. Assegnare il campione a100,000sarrivare1000,000sOgni sistema di microreazione contiene una specificaDNAMarca di sequenza.
2.ContienebarcodeLe perline di gel di informazioni sono mescolate prima con una miscela di campioni e enzimi, poi con un microfluido situato“Doppia croce”La soluzione di tensioattivo olio in connessione.
3.GEMs (Una miscela contenente campioni, enzimi, perline di gel (gocce di olio) scorre nel serbatoio e viene raccolta. Gel perline rilascio di soluzionebarcodeLa sequenza inizia a contrassegnare il campione. Contiene in ogni gocciabarcodemiscela di prodotti informativi. Quindi creare una libreria di sequenziamento standard.

1.Assemblaggio del genoma:UtilizzoGemCodeIntroduzione della piattaforma per una sequenza di segmenti lunghibarcodeSequenziare e sequenziare l'introduttore del giunto, quindi interrompere la sequenza in frammenti adatti alle dimensioni di sequenziamento per il sequenziamento, attraversobarcodeLe informazioni seriali saranno piùReadsEseguire l'assemblaggio, ottenere la distanza in30-100Kbdellinked-readsinformazioni per ottenere grandi parti di informazioni genetiche.

Vantaggi:
Le librerie costruite con questa tecnologia possono essereIlluminaIl sistema di sequenziamento corrisponde perfettamente e sarà breveReadsL'assemblaggio cresce fino a100Kbframmenti;
L'effetto di assemblaggio in combinazione con questa tecnologia è usato più singolarmenteIlluminaI dati possono essere aumentati fino a una dozzina di volte;
Alta precisione, basso costo e piccola difficoltà di funzionamento.

2.Sequenziamento della trascrizione monocellulare:Basato su10x GenomicsUltimoChromium ™Il sistema utilizza il sistema di microreazione dell'acqua riempita di olio per distinguere le diverse cellule in una popolazione attraverso l'etichettatura sequenziale, ottenendo lo spettro di espressione genica digitale a livello singolare, consentendo migliaia o persino decine di migliaia di analisi di popolazione singolare per risolvere le convenzioniscRNA-seqLe carenze del metodo in termini di flusso o scalabilità hanno aperto nuove idee per la ricerca a singole cellule.

Vantaggi:
Ultra-alto flusso: massimo numero di cellule rilevate da un singolo campione1000-10000；
Il ciclo del progetto è breve: completato in un giorno dalla sospensione cellulare acDNALibreria costruire tutti i lavori di preparazione sequenziale;
Alta efficienza nella cattura delle cellule: cattura delle singole cellule65%Identificare con precisione i tipi di cellule rare;
Veri sequenziamenti unicellulari: attraverso gocce di olio-barcode-Corrispondenza singola cellulare per realizzare il sequenziamento singola cellulare nel vero senso;
Ampia compatibilità della piattaforma di sequenziamento: conIlluminaPiattaforme altamente compatibili con vari modelli.

gDNA
Requisiti: cintura principale <unk>50kb 50kb-100kb per inserire il segmento Illumina PE150
Profondità di sequenziamento≥100X

Applicazioni10x Genomics Valutazione dell'effetto dell'assemblaggio del genoma assistito

Attualmente il genoma umanoIl caso di successo di sequenziamento e assemblaggio de novo è stato la combinazione di sequenziamento a frammenti brevi Illumina, tecnologia di sequenziamento monomolecolare PacBio in tempo reale e tecnologia di mappatura ottica BioNano, ma il costo di sequenziamento di PacBio in questo approccio è relativamente elevato.
Questo studio fornisce un genomaNuovo metodo di sequenziamento e assemblaggio de novo. Questo approccio utilizza le letture collegate di 10x Genomics per ottenere i dati di frammenti di media lunghezza, quindi utilizza il sequenziamento di Illumina per costruire una mappa del genoma in combinazione con BioNano, per l'ancoraggio e l'impalcatura dei contigs, con il genoma assemblato fino a 33,5 Mb di Scaffold N50. La fattibilità di questo approccio è stata convalidata attraverso l'assemblaggio de novo del genoma di un campione HapMap umano (NA12878).
UtilizzoI risultati del metodo 10x Genomics + Illumina + BioNano per l'assemblaggio del genoma hanno dimostrato che sia la lunghezza dell'impalcatura N50 e la lunghezza del genoma assemblato sono migliorati in modo significativo, mentre il numero di impalcatura è diminuito in modo significativo.

Yulia Mostovoy, Michal Levy-Sakin, et al., A hybrid approach for de novo human genome sequence assembly and phasing. Nature Methods. 2016 May 9. doi: 10.1038/NMETH.3865.